目前多按肛管与括约肌的关系将肛瘘分为4类。
1、括约肌间肛瘘多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm。少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。
2、经括约肌肛瘘可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。
3、括约肌上肛瘘为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。
4、括约肌外肛瘘最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠肿瘤或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。
会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿由瘘口内流出。
先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖附近。瘘内可见毛发，由胚胎发生。
骶尾部瘘：常由臀部损伤，如打击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。
肛门周围化脓性汗腺炎 这是最易被误诊为肛瘘的肛门周围皮肤病，因其主要特征是肛周有脓肿形成和遗留窦道。窦道处常有隆起和脓液，有多个外口，故易误诊为多发性肛瘘或复杂性肛瘘。鉴别要点是肛周化脓性汗腺炎的病变在皮肤及皮下组织，病变范围广泛，可有无数窦道开口，呈结节状或弥漫性，但窦道均浅，不与直肠相通，切开窦道后无脓液和瘘管，亦无内口。Wiltz报道43例肛周化脓性汗腺炎，35例初诊为肛瘘、藏毛囊肿、窦道和肛管脓肿，确诊前多有6年以上病史。
骨盆骨髓炎 骨盆化脓性或结核性病变引起的骨盆骨髓炎，常在会阴部发生窦道，与肛瘘的外口极为相似。但前者无内口，X线片显示骨盆有病变。
骶骨前瘘 由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，瘘管位于骶骨凹内，外口常位于尾骨尖两侧，探针可探入8～10cm，瘘管与直肠平行。
骶尾部骨结核 发病缓慢，无红肿热痛等急性炎症变化，破溃后流出稀薄脓液，外口较大，边缘不整齐，且经久不愈。X线片显示骶尾骨有骨质损害和结核病灶。
骶尾部畸胎瘤 破溃后可形成尾骨前瘘或直肠内瘘。大型畸胎瘤可突出骶尾部，容易诊断;小型无症状的肿瘤，可在直肠后方扪及平滑、有分叶的肿块。X线片可见骶骨和直肠之间有肿块，内有不定形的散在钙化阴影，可见骨质或牙。
.晚期肛管直肠肿瘤 破溃后可形成肛瘘，特点是肿块坚硬，分泌物为脓血，恶臭。病理切片可确诊。

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